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图 3. 针对MALAT1的相对检测灵敏度-多种癌症的潜在lncRNA生物标志物

癌患者的经济负担,提高患者的依从性 10 。这 些检测大多是筛查在膀胱癌的1-4期出现的 mRNA生物标志物的过度表达,包括细胞周 期蛋白依赖性激酶1(CDC2),胰岛素样生 长因子结合蛋白5(IGFBP5)和肝素结合细 胞因子(MDK)。 膀胱癌标志物的检测 在以下研究中,对比使用了迈迪安 Air-Dryable™ 可风干尿液直扩RT-qPCR预混 液(MDX151) 和UltraPlex™ 1-Step ToughMix 对10%尿液样本中膀胱癌标志物 CDC2,IGFBP5 和 MDK的检测(图4)反应中 分别Air-Dryable™可风干尿液直扩RT-qPCR 预混液和UltraPlex™ 1-Step ToughMix在 QuantStudio 扩增仪上对10%经DNA酶处理 的尿液样本中200pg的CDC2, IGFBP5 或MDK RNA进行扩增。扩增设置为50°C 10分 钟;95°C 2分钟;95°C 10秒,60°C 20 秒,50个循环 (图4)。结果显示,与对比 试剂相比,Air-Dryable™ 可风干尿液直扩 RT-qPCR预混液对尿液中的三个RNA靶标都 有更灵敏的扩增,Ct值更低。 前列腺癌标志物的检测 目前,前列腺癌的金标准筛查方法是PSA(前 列腺特异性抗原)测试,如果PSA水平升高, 需通过活检进一步检查。虽然这被证明是一种 非常有效的诊断方法,但组织活检的癌症检出 率很低,在36% - 54%之间,因为并非所有 PSA抗原升高的结果都是由癌症引起的 11 。此

图3: 转移相关肺腺癌转录本1(MALAT1)是为数 不多的被充分研究的长链非编码RNA(lncRNAs) ,在多种肿瘤组织和细胞中有更高的表达和活性, 在肿瘤侵袭转移过程中发挥关键作用。本实验中对 比了Air-Dryable™ 可风干血液直扩RT-qPCR预混 液(MDX121, 红色 )和QuantaBio UltraPlex™ 1-Step ToughMix( 绿色 )对经过5%DNA酶处理的 血清样本中MALAT1检测的灵敏度。结果显示,与 对比试剂相比,MDX121对血清具有更高的灵敏度 和耐受性,更适合lncRNA生物标志物的筛查检测。

从血液中直接检测lncRNA生物标志物—利用 lncRNA生物标志物检测早期癌症 长非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)是长度大于200个核苷酸的 RNA转录物,没有或有有限的蛋白质编码潜 力,通过不同的分子机制发挥不同的生物学 功能。几项研究证实了外泌体长非编码RNA 作为几种类型癌症的微创诊断和预后标志物 的使用。

热10分钟失活。对5%经过该DNA酶处理的血 清样本中已知浓度的长非编码RNA靶标 MALAT1分别使用Air-Dryable™ 可风干血液 直扩RT-qPCR预混液或UltraPlex™ 1-Step ToughMix 在QuantStudio 进行扩增。扩增 设置为50°C 10分钟;95°C 3分钟;95°C 10 秒,60°C 25秒,40个循环(图3)。 对尿液中生物标志物的检测 液体活检主要集中在对血液样本的检测,但 也可以使用粪便、唾液和尿液等其他体液。 特别是,尿液在泌尿系统相关的癌症和非泌 尿系统癌症(如前列腺癌 9 )中显示出了巨大 的前景,并且由于尿液的采集完全没有侵入 性,可以大量收集,是ctDNA的丰富来源, 因此与血液相比,使用尿液作为检测样本具 有显著的优势。目前有几种基于qPCR的膀胱 癌检测和监测的液体活检方法已经获得了 FDA的批准,这种检测方法有助于降低膀胱

其中一个常用的lncRNA是MALTA1 (metastasis associated in lung

adenocarcinoma transcript 1,转移相关肺 腺癌转录本1),它是一个8.8kb,长作为癌 症诊断和预后的潜在生物标志物,在过去的 几年里引起了人们的极大关注。

研究表明,MALAT1 在正常组织中广泛表 达,其异常表达与癌症病理生理和疾病进展 有关 7 。对肺癌相关恶性胸腔积液(LC-MPE) 诊断检测的研究发现,MALAT1和CEA联合检 测在预测胸腔积液方面比单独检测CEA具有 更高的敏感性和准确性 8 。 在以下研究中,检测了Meridian迈迪安 Air-Dryable™可风干血液直扩RT-qPCR预混 液(MDX121)对经过5%DNA酶处理(以去 除RNA检测中的基因组DNA污染)的血清样 本中MALAT1 检测的灵敏度。血清样本中加 入DNA酶在 37°C 热浴2小时后,经过95°C 加

图 4. 对10%尿液样本中肿瘤相关mRNA标志物 (CDC2激酶, IGFBP5和MDK)的检测

A) CDC2

B) IGFBP5

C) MDK

图 4: 对比Air-Dryable™ 可风干尿液直扩RT-qPCR预混液(MDX151, 红色 ), 和UltraPlex™ 1-Step ToughMix ( 灰色 )对10%尿液样本中膀胱癌标志物CDC2, IGFBP5 and MDK的检测。在QuantStudio 扩增 仪上对10%经DNA酶处理的尿液样本中200pg的CDC2, IGFBP5 或MDK RNA进行扩增。扩增设置为50°C 10 分钟;95°C 2分钟;95°C 10秒,60°C 20秒,50个循环(图4)。结果显示,与对比试剂相比,Air- Dryable™ 可风干尿液直扩RT-qPCR预混液对尿液中的三个RNA靶标都有更灵敏的扩增,Ct值更低。

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