Meridian is a primary manufacturer of specialized high-quality molecular reagents and offers solutions to a wide range of industries to diagnose and treat diseases, discover new therapeutics or develop tests for environmental, food and cosmetic safety.
下一代测序 Next Generation Sequencing (NGS) 建库分子酶
创新建库试剂实现 NGS 测序亲民化
随着测序仪器、耗材和数据分析工具成本的降低和便携性的提高,对于更多的研究人员、 临床医生和企业来说,NGS 变得更易获取、更可负担和更方便使用。
最新技术的进步推动了更小型、更紧凑的测序仪器发展,这些仪器占地面积更小、界面更友好、工作流程更简化、对样本要求更低。这些优势降低了NGS 的检测成本,提高了其便携性,使研究人员能够在各种环境下进行测序检测,包括户外和护理点诊断场景。 但是,NGS研究人员一直面临着检测试剂需要冷链储运的挑战。在整个供应链物流过程中确保冷链的完整性,特别是在电力不可靠或冷藏能力有限的环境 中,这导致了高昂的成本和物流障碍,阻碍了NGS技术在全球范围内的普及。 Meridian迈迪安生物推出的无甘油NGS建库分子酶可实现冻干常温保存,消除了对耗能的冷藏和冷冻的依赖,为减少与冷链物流相关的碳排放提供了一种 可持续的替代方案。此外,避免冷链的需求不仅简化了运输物流,还可以大大减少包装材料和运输成本。无甘油的分子酶配方不仅有运输和储存的稳定性 优势,其高浓度的形式,还可满足医疗点设备通常对微型化的要求。高浓度的配方不仅可以在检测中使用较小的试剂量,还能最大限度地提高样品输入 量,同时确保性能的一致性。 为了进一步提高NGS试剂的可及性,Meridian开发了全新的冻干NGS建库试剂盒(MDX219)。它是一种即用型的NGS建库完整解决方案,设计用于合成 测序法(SBS),可在常温下储运,室温下稳定性至少长达12个月。该试剂盒由三个试管组成,分别包含用于末端修复、加A尾、连接接头和文库富集的 冻干组分,为NGS建库提供了快速、简便和经济高效的解决方案。 此外,Meridian迈迪安还提供的这一系列无甘油高浓度分子酶使NGS检测开发人员能够设计新一代NGS建库诊断试剂和工作流程。
Meridian迈迪安生物NGS建库试剂解决方案
冻干NGS建库试剂盒 -包含末端修复/加A尾、连接接头和文库富集反应试剂
MDX219
MDX170
MDX207
无甘油 Taq HS 高浓度DNA聚合酶
无甘油 T4 DNA 聚合酶 (HC)
MDX203
MDX208
无甘油高保真Pfu聚合酶 (HC)
无甘油 DNA Pol I Klenow 大片段 (HC)
MDX206
MDX041
无甘油 T4 多聚核苷酸激酶 (HC)
NGS文库清洗及大小选择磁珠
MDX039
MDX200
NGS文库定量试剂盒
无甘油 T4 DNA 连接酶 (HC)
主要产品特点:
无 甘油分子酶在冻干后常温环境下储存可稳定至少12个月仍保持完整的酶活性
高 浓度配方非常适合需要微小体积的检测,如微型化的POC设备
高浓度配方使反应配置具有更高灵活性,可最大限度地增加样品输入量,从而提高检测灵敏度
冻 干建库试剂盒包含三管试剂,分别含有末端修复/加A尾、连接接头和文库富集所需的所有组分,可在常温下保存至少12个月
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1
Meridian 迈迪安无甘油NGS建库试剂解决方案
Meridian提供建库全步骤中所需的分子酶,对带有 5’ 和 3’ 悬垂的片段进行修复以形成钝末端,然后对这些片段进行磷酸化和 A-尾化处理, 使末端适于适配体连接。连接测序适配体后,形成完整的测序就绪文库片段。
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
步骤1 片段化 通过物理或酶学法
5’
5’
3’
3’
5’ 3’
5’ 3’
3’
5’
5’
3’
5’
5’
5’
5’
3’
3’
5’ overhang 3’ 3’
3’ overhang
5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’
5’ 3’ 5’ 3’
3’
3’
5’
5’
5’
5’
3’
3’
5’ overhang
5’ overhang
3’ overhang
3’ overhang
5’
5’
3’
3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
3’
5’ 3’ 5’ 3’ 5’ 3’ 5’
5’
3’
5’ 5’ 5’ 3’
5’ 5’ 5’ 3’
3’ 3’
3’ 3’
5’ overhang
3’ overhang
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
末端修复
步骤2
(3’ – 5’ exonuclease activity)
(Fill in 3’ – 5’ direction)
3’ 3’
5’ 5’
5’ 5’
3’ 3’
5’ 5’ overhang 5’ overhang 5’ overhang P 3’
3’ overhang 3’ overhang 3’ overhang 5’ 3’ 5’ 3’
无甘油 T4 DNA 聚合酶 (HC) (MDX207) 见第3页 无甘油 DNA Pol I Klenow大片段 (HC) (MDX208) 见第3页
5’
3’ 5’ 3’
(3’ – 5’ exonuclease activity) (3’ – 5’ exonuclease activity)
(Fill in 3’ – 5’ direction) (Fill in 3’ – 5’ direction)
5’ 3’
5’ 3’
5’
5’
3’
3’
5’ 3’ 5’ 3’ 5’
5’ 3’ 5’ 3’
5’ 3’ 5’ 3’
5’ (3’ – 5’ exonuclease activity) (3’ – 5’ exonuclease activity) (3’ – 5’ exonuclease activity) 5’ 3’ (3’ – 5’ exonuclease activity) 去除3’-悬空末端 P 3’ 3’ P 5’ 3’ P
(Fill in 3’ – 5’ direction) 填充5’-突出末端
P
P
5’
5’
3’
P 5’ (Fill in 3’ – 5’ direction) (Fill in 3’ – 5’ direction) (Fill in 3’ – 5’ direction) 5’ 3’
5’ 3’
5’ 3’
3’
3’
P
5’
磷酸化
步骤3
A
3’
无甘油 T4多聚核苷酸激酶 (HC) (MDX206) 见第4页
P P
5’ 5’
3’
3’
5’
P 3’
P 5’ 5’
3’ 3’
A
P A
A
5’
3’
3’ 3’ P 5’ P 5’ P 5’ A- 5’ A 3’ 3’ A 3’ -T A -T
P 3’
-A 5’ 5’ 5’ 5’ 5’ A A
P P 3’ P
3’ 5’
P
A
-T
5’
3’ 3’ P
A-尾
步骤4
A-
T- A 5’
P
Adaptor -A T- -A T-
无甘油 Taq HS 聚合酶 50 U/μL (MDX170) 见第5页
3’ 3’
Adaptor
A A P 5’ A- 3’ A -T A-
P P
3’
Adaptor
Adaptor
Adaptor
Adaptor
-A
T-
5’
P
Adaptor
-T -T A-
Adaptor -A
Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor 适配子
Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor 适配子 Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor Adaptor
A- A-
T- T-
链接适配子
步骤5
-A
无甘油 T4 DNA 连接酶 (HC) (MDX200) 见第5页
-T
-A
T-
无甘油高保真Pfu聚合酶 (HC) (MDX203) 见第6页 步骤6 文库扩增
2
步骤 2 末端修复
无甘油 T4 DNA 聚合酶 (HC)
产品货号 #MDX207
产品亮点 • 对 DNA进行片段化处理后用于末端 修复,可钝化双链DNA片段的 DNA末端(填充5’端突出末端或/ 和去除3’端悬空) • Sanger测序法中,去除加入到DNA链中的荧光染料标记的核苷酸 • 浓度为20 U/μL 体积 反应数 50 μ L 500 个反应 500 μ L 5,000 个反应
无甘油 T4 DNA 聚合酶 (HC) (MDX207) 是一种依赖DNA模板的DNA聚 合酶,其具有5’→3’DNA聚合酶活性,催化将核苷酸添加到DNA链的 3’ 末端,使其沿5’至3’方向延伸。它还具有3’- 5’外切酶活性,可以用于将 5’端突出末端补平或3’端突出末端削平,但缺乏5’ - 3’外切酶活性。 MDX207浓度为 20 U/μL 。 无甘油T4 DNA聚合酶可用于在任何双链DNA分子上生成钝末端,并通过 置换合成对DNA进行标记。在NGS建库过程中,它既可单独使用,也可 作为末端修复混合液的一部分,其作用是对DNA进行片段化处理后用于 末端修复,可钝化双链DNA片段的DNA末端(填充5’端突出末端或/和去 除3’端悬空),以便随后通过T4 DNA连接酶添加适配子。
冻干后酶活性保持一致
(右图)无甘油T4 DNA聚合酶(HC)(MDX207)在其反应缓冲液中冻干,并在加速稳定性研究中 测试其稳定性。将冻干的MDX207( 红色 )在37°C放置1个月,然后与保存在-20°C的未冻干的液体 酶( 蓝色 )一起进行DNA聚合活性测试比较。结果表明,经过加速稳定性测试,冻干后的MDX207 依然具有同等酶活性,在常温下可稳定保存12个月。
液体 | 冻干
无甘油 DNA Pol I Klenow 大片段 (HC) (MDX208) 是来自大肠杆菌DNA 聚合酶 I N端蛋白的水解产物,具有5’→3’DNA聚合酶活性和3’-5’外切酶 活性,但没有5’-3’外切酶活性。MDX207浓度为50 U/μL 。 在NGS文库制备中主要作用是末端修复,填充5’端突出末端和去除3’端悬 空以对生成钝化的DNA。 无甘油 DNA Pol I Klenow 大片段 (HC)
产品货号 #MDX208
体积 反应数 200 μ L 10,000 个反应 1 mL 50,000 个反应
产品亮点 • 进 行末端修复以进行适配子连接 • 通过填充 5’端突出末端对dsDNA 进行标记 • 浓度为50 U/μL
反应快速且性能优异
冻干后酶活性保持一致
Meridian | NEB | Thermo | Qiagen
(上图)无甘油 DNA Pol I Klenow 大片段 (HC) 用于引物延伸检测。每个反应中无甘油 DNA Pol I Klenow 大片段 (HC) 的最终用量为5U,与 4ng模板和 Lyo-Ready Klenow 反 应缓冲液进行反应,并在相同条件下与其他供应商的产品进行比较。结果显示,与大多 数供应商相比,无甘油DNA Pol I Klenow大片段 (HC) 的反应速率更快,末端荧光更高。
液体 | 冻干
(上图)无甘油 DNA Pol I Klenow 大片段 (HC) 在37°C的液态( 蓝色 )或冻干( 红色 )条件 下的加速稳定性检测。结果显示,无甘油 DNA Pol I Klenow 大片段 (HC) 经过加速稳定性测 试后具有相同的酶活性,在常温下可稳定保存12个月。
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3
磷酸化
步骤 3
无甘油 T4 多聚核苷酸激酶 (HC)
产品货号 #MDX206 体积 反应数
无甘油 T4 多聚核苷酸激酶 (MDX206) 简称T4 PNK,是一种多聚核苷酸5’羟 基激酶,可以催化ATP的γ位磷酸基团向单链或双链DNA或RNA的5´羟基上, 从而使DNA和RNA的5’端磷酸化。MDX206浓度为20 U/μL 。 无甘油 T4 多核苷酸激酶(HC)用于NGS建库中,可单独使用,也可作为末 端修复混合液的一部分,将磷酸盐添加到双链 DNA 的 5’羟基末端,以便随 后通过T4 DNA连接酶连接适配体。
产品亮点 • 在 NGS建库中进行 5’ 端磷酸化以便 用于后续链接适配子 • 去除DNA和RNA上3’端的磷酸基团 • 浓度为20 U/μL
25 μ L 500 个反应 250 μ L 5,000 个反应
反应快速且性能优异
A
B
0.012
0.01
0.008 0.006 0.004 0.002
0
NEB
Meridian
NEB | MDX206
(上图)浓度为0.005 U/μL的无甘油 T4 多核苷酸激酶(HC)( 蓝色 )和NEB的T4 多核苷酸激酶( 红色 )的荧光随时间的增加和 B/磷酸化反应速率。结果显 示,Meridian迈迪安生产的无甘油T4 多核苷酸激酶的酶活性与其他供应商生产的含甘油酶性能相当。
冻干后酶活性保持一致
(左图)无甘油T4 多核苷酸激酶冻干后( 红色 )在37°C下保存两个月进行加速稳定性检测, 在-20°C下保存的液体( 蓝色 )相比。结果显示,无甘油T4多核苷酸激酶不受冻干和随后在常温 下储存的影响,在复融后检测时酶活性基本保持一致。
液体 | 冻干
4
A尾
步骤 4
无甘油 Taq HS 高浓度DNA聚合酶 (MDX170) 是由不含甘油的高性能 Taq DNA 聚合酶与Taq热启动抗体混合而成。MDX170浓度为50 U/μL。无甘油 Taq HS 高浓度DNA聚合酶可用于生成3’端加A尾的DNA片段,因为它具有 末端转移酶活性,自然会留下3’末端腺嘌呤,因此非常适合在NGS 建库过 程中用于测序适配体的“粘性末端“连接。 无甘油 Taq HS 高浓度DNA聚合酶
产品货号 #MDX170
体积 单位数 20 μ L 1 , 000 个单位 500 μ L 25,000 个单位
产品亮点 • 高 浓度酶适用于微型体系的少量 体积需求 • 在NGS建库过程中添加测序适配体 • 浓度为50 U/μL
冻干后酶活性保持一致 (右图)无甘油 Taq HS 高浓度DNA聚合酶与其反应缓冲液一起冻干,并在37°C下保存1个月 ( 红色 ),并与保存在-20°C下的液体酶( 蓝色 )进行比较。结果显示,无甘油Taq HS高浓度 DNA聚合酶不受冻干和随后在常温下储存的影响,在复融后检测时酶活性基本保持一致。
液体 | 冻干
添加适配体
步骤 5
无甘油 T4 DNA 连接酶 (HC)
产品货号 #MDX200
无甘油 T4 DNA 连接酶 (HC) (MDX200) 可催化粘端或平端双链DNA或RNA 的5’-P末端和3’-OH末端之间以磷酸二酯键结合,并修复双链DNA中的单链 缺口。MDX200浓度为50 U/μL 。
体积 单位数
产品亮点 • 有 效地连接钝端和粘性末端 • 修复双链DNA, RNA和DNA/RNA 杂交链中的单链缺口 • NGS建库中用于连接双链寡核苷酸 连接体或DNA适配子 • 浓度为50 U/μL
1,000 Weiss 个单位 10,000 Weiss 个单位
20 μ L
200 μ L
不含外切酶和内切酶活性
Hindlll-digested λ DNA
Supercoiled pUC19 DNA
100 U T4 DNA Ligase
No Ligase Control
100 U T4 DNA Ligase
100 U T4 DNA Ligase
No Ligase Control
100 U T4 DNA Ligase
(左图)无甘油T4 DNA连接酶(HC)不含可可检测的外切酶和内切酶活性。无甘油T4 DNA连 接酶(HC)与 1 μg HindIII 消化的λ DNA(第2列和第3列)和超卷曲的 pUC19 DNA(第5列和 第6列)在37°C热浴16小时。结果显示没有检测到可能影响酶连接效率的外切酶和内切酶活性。
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5
文库扩增
步骤 6
无甘油高保真Pfu聚合酶 (HC) (MDX203) 是一种高保真热稳定的DNA 依赖 性DNA 聚合酶,来自 暴热球菌 ( Pyrococcus furiosus )。Pfu 聚合酶的3’ - 5’ 校对外切酶活性使其适用于需要高保真DNA合成或钝头PCR片段的应用。 无甘油高保真Pfu聚合酶 (HC) 浓度20U/μL,并搭配提供含有镁离子、dNTPs 和冻干所需赋形剂的无甘油5x反应缓冲液。 无甘油高保真Pfu聚合酶 (HC)
产品货号 #MDX203 体积 单位数
产品亮点 • 高 浓度Pfu聚合酶,适用于 大规模PCR预混液生产 • 适用于NGS文库扩增 • 无甘油,适用于冻干PCR检测 • 浓度为20 U/μL
100 μ L 500 个单位 250 μ L 20,000 个单位
冻干后多重反应性能
(左图)无甘油高保真 Pfu聚合酶(HC)(MDX203)冻干后在 37°C 下分别储存1周和4 周。在对7个不同GC含量的靶标进行多重PCR扩增时,将冻干样品与未冻干的相同酶和反应 缓冲液进行了对比测试:793 bp (32% GC)、649 bp (54% GC)、548 bp (60% GC)、418 bp (48% GC)、332 bp (48% GC)、196 bp (51% GC)、135 bp (55% GC)。结果显示,冻干的 MDX203在37°C温度下至少1个月保持稳定,活性不会降低,冻干后常温下的稳定性为1年。
Lyo Day 7 at 37°C
Lyo Day 28 at 37°C
Wet Reference
Lyo Day 0
6
其他NGS建库试剂
NGS文库清洗及大小选择磁珠
产品货号 #MDX041
体积 50 mL 500 mL
迈迪安提供的 NGS文库清洗及大小选择磁珠 (MDX041) 是一种顺磁性SPRI 珠,设计用于DNA片段或二代测序文库的清理和大小选择。顺磁珠根据悬浮 珠与样品的体积比选择性地结合DNA片段。它们能够提供高度纯化的DNA片 段,有效地去除污染物,如核苷酸、引物、适配器、酶、缓冲添加剂和盐。
产品亮点 • 顺 磁珠用于DNA片段的清理和大小选择 • 可 根据需要的片段大小选择单侧 或双侧选择方法 • 可 兼容手动和自动操作流程
双侧选择后的DNA片段尺寸分布
(左图)在双侧选择法中,首先使用左侧选择的方法去除文库中最小的片段,然后使用不同比 例的磁珠进行右侧选择二次纯化,移除文库中的大分子片段。
NGS文库定量试剂盒
产品货号 #MDX039
体积 反应数 5 mL 500 个反应
迈迪安提供的 NGS文库定量试剂盒 (MDX039) 通过qPCR反应对连接了适配子 的分子进行定量分析,从而达到对Illumina二代测序文库进行精确定量。 该试剂盒包含一系列预稀释的标准液(可降低稀释过程中的移液误差), P5/P7Illumina®特异性引物混合物和用于稀释文库样品的优化稀释缓冲液。
产品亮点 • 适 用于所有Illumina兼容文库的量化 • 9 0分钟内得到精确结果 • 包 含一系列六种预稀释的DNA标准液,用于生成快速可靠的标准 曲线,提供精确和准确的定量
基于qPCR的NGS文库定量
(左图)由Illumina®二代测序文库的6个预稀释DNA标准液( 蓝色 ,浓度为10pM-100aM) 和3个稀释倍数的文库样本( 红色 ,10倍稀释)扩增而成的qPCR标准曲线。
6 pre-diluted DNA standards | Illumina ®
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订购信息
无甘油 NGS 建库分子酶
MDX207
无甘油 T4 DNA 聚合酶 (HC)
MDX208
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MDX039
NGS文库定量试剂盒
MDX003
高保真Pfu聚合酶
MDX006
高特异 Pfu HS预混液
MDX204
可冻干T4 连接酶反应缓冲液, 5x
MDX200
无甘油RNA酶抑制剂
MDX117
55C MMLV逆转录酶
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