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二代测序(NGS)因其通量高,可扩展性和速度快彻底改变了基因组研究。NGS在临床诊断中的应 用正在迅速扩大,特别是在肿瘤学、微生物学或临床遗传学领域。 为了成功地作为诊断工具使用,二代测序生成的数据必须可靠和准确。影响测序数据质量的一个 重要因素是加载文库的质量和数量。低质量的文库会造成结果有偏差,导致覆盖度不均匀或产量 低,影响测序的准确性和可靠性。迈迪安公司提供一系列与自动化工作流兼容的二代测序文库制 备的解决方案,可实现最佳的测序结果。

二代测序 (NGS) 文库制备方案

主要应用

人体诊断 基因筛查

二代测序 (NGS)以其高通量、可扩展性和快速彻底改变了基因组研究。NGS在临床诊断中的 应用正在迅速扩大,特别是在肿瘤学、微生物学和临床遗传学领域。 作为诊断工具,NGS的数据必须可靠和准确。影响NGS数据质量的一个重要

因素是测序仪流动池上加载文库的质量和数量。低质量的文库会影 响结果,导致不均匀的覆盖或低产量,从而影响测序的准确性和 可靠性。迈迪安公司提供一系列适用于自动化操作平台的 NGS文库制备试剂,能实现最优的测序结果。

> 高特异Pfu热启动预混液

> 文库清洗及大小选择

> 文库定量

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高特异Pfu热启动预混液

由适配体热启动的高保真DNA聚合酶,适用于靶标富集和NGS文库扩增和克隆。高特异性的Pfu 混合液提供了高产量、高灵敏性、及优 质的GC-和AT-富集靶标的扩增。热启动的适配体与聚合酶可逆性地结合,在反应完成前后室温条件下抑制其活性,提高扩增的特异性。

产品亮点 • 适配体热启动,提高特异性 • 抑制剂耐受 (可用于 20%全血的直接扩增) • 针对不同GC含量(25%-65%)靶标的稳健性扩增 • 适用于二次测序文库扩增的高保真性 • 方便于室温下设置反应 • 适用于多重扩增

产品

产品编号 体积 反应数

5 mL 200 个反应 100 mL 4,000 个反应

High-Specificity Pfu HS Mix

MDX006

高GC含量(>65%) 和低GC 含量(<25%)时的低GC偏差 使用高特异Pfu热启动预混液和对比试剂 K 对金黄色葡萄球菌和球形葡萄球菌基因 组DNA进行全基因组测序,右图为GC曲 线图。 1.8 2.0

对照基因组

MDX006 无PCR反应组

对比试剂 K

1.6

将从100ng 金黄色葡萄球菌和球形葡萄 球菌基因组 DNA制备的扩增文库,与由 1μg同样DNA样本制备的无PCR扩增文库 等摩尔量混合。反应中的文库扩增包含 10个PCR循环,分别使用高特异Pfu-热启 动预混液(MDX006)或对比试剂K,遵 循各制造商的使用建议。 测序后生成GC偏差曲线,X坐标显示的 是每100个碱基对中的GC百分比含量。 高特异Pfu热启动预混液(蓝色曲线)和 对比试剂(绿色曲线)均体现了结果的均 一化覆盖,无PCR扩增的文库(黑色)在 竖向偏差上接近于1(代表着无偏差覆 盖)。结果显示,与对比试剂K相比,高 特异Pfu热启动预混液在不同GC含量覆 盖范围中呈现了较低的偏差,特别是当 GC含量高于65%时。

1.4

1.2

1.0

0.8

0.6

0.4

0.2

0.0

15

25

35

45

55

65

75

85

GC% of 100 base windows

Reference Genome

MDX006

Kapa

PCR-Free

高灵敏度和高产量 从人类DNA基因组的五倍稀释序列中扩增 F8基因的1.2kb片段。使用了4种不同的 DNA聚合酶,并根据制造商的建议设置所 有反应。标记物为 HyperLadder™50bp(BIO-33054)。

高特异Pfu热启动预混液

Pfu Turbo

Platinum SuperFi

Phusion II

对含有不同GC含量(29% to 65%) 的DNA有效扩增

M 29% 32% 44% 55% 62% 65%

从人类DNA 基因组中扩增出以下区域: RBB8 161 bp(29%GC),RBB8 450bp(32%GC), Il10 417bp(44%GC), Mpex 418bp(55%GC), EGFR 525bp(62%GC), EGFR 380bp(65%GC)标记物为 HyperLadder™ 50 bp(BIO-33054 )。 结果显示,测试不同的GC含量均得到有效的扩增,证明高特异性的Pfu热启 动预混液适用于需要低GC偏差的应用。

适用于从富含抑制剂样本中多重扩增 从20%全血中直接对6个靶标进行多重扩增(961bp, 892 bp, 793 bp, 548 bp, 332 bp, 196 bp),标记物为 HyperLadder™ 50 bp(BIO-33054 )。 结果显示。高特异Pfu热启动预混液对含有EDTA的 20%全血多重直扩PCR反应的性能优于其他对比试 剂。

High-Specificity Pfu HS

Platinum SuperFi

Pfu Turbo Phusion II

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文库清洗及大小选择

顺磁性SPRI珠设计用于DNA片段或二代测序文库的清理和 大小选择。顺磁珠根据悬浮珠与样品的体积比选择性地结 合DNA片段。它们能够提供高度纯化的DNA片段,有效地 去除污染物,如核苷酸、引物、适配器、酶、缓冲添加剂 和盐。

有效移除引物及适配器

使用二代测序清洗和大小选 择磁珠后,电泳图显示未合 并的适配器和PCR引物(箭头) 被移除后的文库大小。

产品

产品编号 体积

50 mL 500 mL

NGS Clean and Select Beads

MDX041

双侧选择后的DNA片段尺寸分布

产品亮点 • 高度可重复性结果 • 可根据需要的片段大小选择单侧或双侧选择方法 • 可兼容手动和自动操作流程

在双侧选择法中,首先使用 左侧选择的方法去除文库中 最小的片段,然后使用不同 比例的磁珠进行右侧选择二 次纯化,移除文库中的大分 子片段。

文库定量

通过qPCR反应对连接了适配子的分子进行定量分析,从而达到对 Illumina二代测序文库进行精确定量。该试剂盒包含一系列预稀释 的标准液(可降低稀释过程中的移液误差),P5/P7Illumina ® 特异 性引物混合物和用于稀释文库样品的优化稀释缓冲液。

二代测序文库的qPCR定量

PRODUCT

CAT NO.

REACTIONS

Library Quantification Kit

MDX039

500 Rxns / Kit

产品亮点 • 适用于所有Illumina兼容文库的量化 • 90分钟内得到精确结果 • 包含一系列六种预稀释的DNA标准液,用于生成快速可靠 的标准曲线,提供精确和准确的定量 • 可用于6个96板孔共62个文库,或者2个384板孔共76个文 库的定

由Illumina ® 二代测序文库的6个预稀释DNA标准液(蓝色,浓度为10pM-100aM) 和3个稀释倍数的文库样本(红色,10倍稀释)扩增而成的qPCR标准曲线。

订购信息: Sara Zhou

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